Науково-дослідна робота була і залишається одним із пріоритетних напрямів діяльності нашого навчального закладу з дня його заснування.

Наукова робота в університеті виконується за рахунок коштів державного бюджету, госпдоговорів та грантів.

З жовтня 2002 р. університет включений до Державного реєстру наукових установ, яким надається підтримка держави.

Наукову діяльність проводять наукові колективи кафедр та відокремлені наукові підрозділи: Науково-дослідний інститут проблем моделювання багатозв'язних систем, 17 науково-дослідних лабораторій (НДЛ), 6 науково-навчальних центрів.

З перших днів свого існування наш навчальний заклад зарекомендував себе як осередок науки і освіти у Вінницькому регіоні, генератором наукових і технічних ідей та винаходів, розробником нових освітніх технологій.

У різні роки керівництво виконанням науково-дослідних робіт на рівні навчального закладу здійснювали також проректори: Ткаченко С.Й., Осадчук В.С. та Юхимчук С.В., Грабко В.В.